Q:
nccマッチングのモデルを読み込むたびに、マッチング結果が変わります。

A:
結果が変わる要因として、Intelのコンパイラが考えられます。
コンパイラの影響により、サブピクセルの内部処理において一意でない結果を引き起こしているようです。
read_ncc_modelにて読み込まれるモデルは常に同じですが、読み込む度に物理メモリアドレスが変化していることも、上記の結果をさらに悪化させている要因です。

こちらの挙動はサブピクセルに影響があるため、find_ncc_modelのパラメータであるSubPixelを'false'にする方法で、結果を一定にすることができます。
ただ、結果の違いが非常に小さいため、大きな影響を与えないかと存じます。
コンパイラの影響のため、回避策のご提示が難しく大変恐縮ですが、このままご利用いただければ幸いです。

[補足]
    ・OS：windows7、windows8、windows10
    ・モデル：10種類
    ・HALCONバージョン：12.0.3、18.11、21.11

上記の環境にて、確認したところ、windows7とwindows8ではいずれのモデル、バージョンにて結果を丸め込むことなく、一定になることを確認いたしました。
 また、windows10環境では、結果が変わりましたが、Row、Colでは小数第二、Angleでは小数第四位に設定することで得られる値は一定になることを確認いたしました。

結果が変わる要因は、Intelのコンパイラである可能性が高く、windows10をご利用の場合は丸めることをしていただければと存じます。