エンコーダカウントの変数はint64で用意されており、カウント可能な範囲は-(2^63) から2^63-1です。
Master810/2410を使用する場合、エンコーダの最大入力周波数は300kHzですが、最大値で使用した場合でも約100万年オーバーフローが発生しない計算となります。
I/Oケーブル(Master100)を使用する場合も、最大入力周波数は1MHzですので約30万年オーバーフローが発生しません。
そのため、定期的なカウンタのリセットは不要です。