位置信頼度が下がった際、Navitrolが自動で位置初期化を行い誤った位置で初期化する場合があります。
自動で位置初期化を行うかどうかはparams.txtで設定することが可能です。

I,require_position_initialization,1 # 1 = external position initialization is required

こちらのパラメータは位置信頼度が下がった時の自動復旧を有効/無効にする際に使用します。
1に設定することで自動復旧を無効にすることが可能です。
自動復旧を有効にした場合、本件のように誤った位置合わせをしてしまう可能性があり車両の制御に影響を与えます。
そのためこちらのパラメータは1に設定することを推奨いたします。
上記パラメータが0に設定されている場合は1に変更をお願いします。