Q:
Deep OCRとCNNはどちらもディープラーニングを使用していると思いますが、違いは何でしょうか？

A:
Deep OCRは、ディープラーニングを用いて文字の検出や認識を行います。
一方でCNNでは、文字領域の抽出が必要で、これは従来と同様の手法が用いられます。

基本的には、Deep OCRをご利用ください。
ただし、Deep OCRはほとんど自動で認識しますので、これで読めない場合はチューニングができるCNNの方がよい場合もあるようです。
実行速度に関しては、Deep OCRのrecognitionモードは文字の数に依存しませんが、CNNの場合は文字数によって増加する点はご留意ください。
（数文字レベルであればCNNの方が速いです。）