Q:
画像に対してフーリエ変換をして背景パターンの除去と
異物位置の強調ができないか検討しているのですが
そもそもどういう手順で行えばよいのでしょうか。

A:
実施手順は４つです
１．フィルターを作成
２．対象画像をフーリエ変換した画像にする
３．フーリエ変換画像にフィルターをかける
４．フィルター画像を元の形式に戻す

各フィルターの実行結果は添付ファイルを参照ください。
※添付ファイル内のフィルターの種類は
ハイパス、ローパス、ガウス、バンドパス、微分、バンドフィルターです

RFTとFFTの違いは
FFTは複素数を含む2次元配列の配列
RFT(他のソフトではRFFT)は実数値画像であること。複雑性は足りなくなりますが
計算速度などはこちらの方がよくなります。

そもそも画像に対するフーリエ変換とは
画像はいろんな縞模様の組み合わせで表示できるといったことを式にしたものです
特定の模様部分を弱めれば、背景のパターンが薄くなったり、異物でだけ使っているような波のあたりだけ見るようにすれば、強調となります
以下のサイト内容も参照ください
https://www.slideshare.net/ginrou799/ss-46355460