Q:
HALCONをインストール直後はアプリケーションが動くがPCを再起動するとDLLエラーが出ます。

A:
稀にですが、環境変数が競合を起こして発生することがあります。
環境変数Pathの順番を入れ替えたら解決することが多いです。
HALCONをインストールすると最後に
%HALCONROOT%\bin\%HALCONARCH%;
がかかれます。環境変数は前から順番に読まれるのでそれを前の方に持っていくと解決します。
なお、HALCONROOTはHALCONのインストールディレクトリ、HALCONARCHはアーキテクチャーが設定されている必要があります。