CODESYSのアプリケーションを吸い出して編集することはできませんが、
ソースのプロジェクトを別途ダウンロードしていた場合はそのプロジェクトを吸い出し(アップロード)することで編集可能です。
※ 一度ダウンロードしたアプリケーションは、統合開発環境で可読化できないデータにコンパイルされるため編集ができません。

接続中のPLCに対するソースプロジェクトのダウンロードは、下記の2つの手順で実行可能です。
・手動でソースプロジェクトを転送する場合
PLCに接続できる状態で、メニューバーのオンライン => 接続されたデバイスへソースのダウンロード をクリック
・ビルドしたアプリケーションのダウンロード時にソースプロジェクトを転送する場合
メニューバーのプロジェクト=>プロジェクト設定=>ソースダウンロード =>[保存場所およびタイミング] で設定が可能です。
プロジェクトダウンロード実行時にソースダウンロードを行うかのダイアログを表示する、ダイアログ表示なしで自動的(暗黙的)にソースダウンロードを実行するなどの設定が可能です。
本設定はプロジェクト毎に動作設定が必要です。

プロジェクトのアップロードは、メニューバーのファイル=>ソースのアップロード=>デバイスの選択で、
対象のPLCを選択することでデータを取得可能です。