Q:
SiliconSoftwareでShaftEncoderを使うときに4逓倍にすると、期待の半分のラインレートしか出ません。何が原因でしょうか。

A:
入力している信号が位相90度の波形になっていない可能性があります。
　一度オシロスコープなどで波形をご確認ください。
　位相が90度でない場合、4倍に出力されるパルスの間隔が詰まったり離れたりします。
　このことで、パルスの間隔が想定より短くなり、オーバートリガーが発生する可能性があります。

　ファンクションジェネレータを使う場合も、機種によってPhase 90を指定した後にFrequencyを変更すると
　期待する位相にならない事が知られており、これは波形を一度サイン波と矩形波を変更する等で解消できます。
　こちらも信号の波形をオシロスコープなどで確認することで問題の切り分けが可能です。