可能です。
Windows メニューからCODESYS Installer を開き、右上の設定メニューボタン=>設定=>サービス を押下=>Control Win Service のバージョンを指定することで変更可能です。
※ デフォルトゲートウェイサービスのバージョン変更は通常不要です。

設定をしていない場合は、デフォルトでは最後にインストールしたバージョンのランタイムがタスクトレイに表示されます。