Q,
select_shape_proto()の'covers'とは領域を取得するためにどのような処理を行っているのでしょうか

A,
テンプレートTと入力領域Rが存在し、領域Rに対してテンプレートTによるオープニング処理を実行します。
次に、結果として得られる領域オープニング(R, T)の面積を計算し、この面積を領域Rの面積と関連付けています。
covers_value = area(opening(R,T)) / area(R)

直感的に言うと、テンプレートTを領域R上でスライドさせたときに、テンプレートが入力領域内に平均的にどれだけフィットするかを測定しています。